BLUE GENDER

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脚本：山田光洋
絵コンテ：大畑晃一、佐藤英一
演出：下司康弘
作画監督：渡辺浩二、木崎文智、笹島啓一

リックの撃った弾丸により倒れたアリシア。なんとか一命を取り留めたが、危険な状態であった。BLUEとの戦闘で負傷したリックはアリシアを連れて先にシャトルへと向かい、祐司とマリーンの二人でトニーの暴走をくい止めに中央コンピュータへと向う。
その頃、スウとルウ達は居住区を切り離し、一人でも多くの人を救おうとしていた。
オートマトンにより行く手を阻まれた祐司達はジェネレーターを停止、少しでもトニーの妨害をしようとするが、効果は無く、医療ステーションは軍事ステーションへと進行を開始する。
中央コンピュータでトニーと対峙する祐司。なんとかしてトニーを止めようとするが、トニーのＢ細胞はもはや手の施しようがないほどに活性化されていた。
そして、トニーは語る、なぜ、BLUEが生まれたのか……なぜ、自分たちにBLUEと同じＢ細胞があるのか……BLUEを、Ｂ細胞を生んだ大いなる意志とはなんなのか……
だが、それを聞いても祐司はトニーと対峙する。「生きようとする命を奪う事は誰であれ許されない」と。 激しい戦闘の末、祐司はトニーを倒すという事で暴走をくい止める。しかし、トニーは死んではいなかった。なおＢ細胞の命じるまま、動こうとするトニー。そこに瀕死のアリシアが。
アリシアは「目覚めるのがちょっと早かったんだ。だから、もう一度、一緒に寝よ」とトニーを抱きしめ、ステーションの爆発に飲み込まれていった。