METAL GEAR SOLID 3 HD EDITION 游戏

60fps化（PS3版・Xbox 360版のみ。PS Vita版は30fps）・処理落ちの改善（スモークグレネード使用時や雨・霧のマップなど）。ただしグロズニィグラードなどで周囲を見渡すと多少処理落ちする。
BOSS DUEL、猿蛇合戦、シークレットシアター、ガイサベージ、MGOの削除。
猿蛇合戦の削除に伴いカモフラージュ「BANANA」とアイテム「SARU MASK」削除。
BOSS DUEL削除に伴い1位を記録すると入手できたカモフラージュ「DPM」とフェイスペイント「GREEN」はゲーム開始時に「MGS3が好きだ」を選ぶと初期装備に加わる。選択しなかった場合でもゲームを1周クリアすることで装備に加わり、2周目以降から使用できる。
ガイサベージ削除に伴いガイサベージの夢を見た後の関連イベントも削除された。
ダウンロードすることで使用出来たスペシャルカモフラージュは2周目以降のプレイにてカモフラージュ選択画面で左右を押すことで選択可能になった。ただし「YODOBASHI」等の一部タイアップ系カモフラージュは収録されていない。
バーチャスミッション終了後から見られるオープニングムービーで、PS2版では「KONAMI PRESENTS」の表示が消えてから「Snake Eater」の演奏が始まったが、PS3版とXbox 360版では「KONAMI PRESENTS」の表示開始と同時に演奏が始まる（PS Vita版では、PS2版と同様に始まる）。
パラメディックへの無線通信の際に表示される顔写真が、一部変更されている。
カロリーメイトのパッケージがPS2版のチョコレート味から、メープル味に変更。
オープニングデモや本編中での特定のコマンド入力による特殊効果の一部削除。
グラーニニゴルキー南部の段差やグロズニィグラード下水道の柵など、一部の障害物をローリングで飛び越えられなくなっている（アクションボタンで段差を登ったり、柵をエルードすることは可能）。
ゲーム終盤、スネークとEVAの2人で進む場面で、EVAのスタミナゲージの減るスピードがPS2版よりもゆっくりになり、スタミナ切れが起きにくい。