前作『マリオvs.ドンキーコング』ではプレイヤーがマリオを操ってミニマリオを助けるか、ミニマリオを上手く誘導する内容だったが、この作品ではニンテンドーDSのタッチパネル機能を使用し、プレイヤーのタッチペン操作でミニマリオを出口まで誘導する。
ステージを作成するエディット機能が搭載され、ワイヤレス通信やニンテンドーWi-Fiコネクション機能を利用し他の人にプレイしてもらうこともできる。また、DSダウンロードプレイにより、他のニンテンドーDS本体に体験版を配信することもできる(体験版はフロア1のステージ6までプレイ可能)。
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ステージを作成するエディット機能が搭載され、ワイヤレス通信やニンテンドーWi-Fiコネクション機能を利用し他の人にプレイしてもらうこともできる。また、DSダウンロードプレイにより、他のニンテンドーDS本体に体験版を配信することもできる(体験版はフロア1のステージ6までプレイ可能)。