特攻ゾイド少年隊 漫画系列

ゾイドシミュレーター編
単行本1巻に収録。読み切り版もこのカテゴリーに属する。主人公の属する共和国ゾイド少年隊と、敵対する帝国ゾイド少年隊が、トミー（現タカラトミー）の開発した架空の装置「ゾイドシミュレーター」を使い、改造ゾイドに乗り込んで戦うという、競合誌であったコミックボンボンの作品「プラモ狂四郎」の影響を色濃く受けた内容となっている。ちなみにこのシミュレーターというコンセプトは、後に青木が描いた『魔神英雄伝ワタル2 魔神開発大決戦』でも使われているほか、「ゾイドバトラー雷牙」や、「ゾイドインフィニティ」にも影響を与えている。
また、主人公機にシールドライガーを用いたコミックはこの作品が初であり、後のゾイドアニメシリーズにおいて、ライガー系の機体が主人公機になったさきがけにもなった。
物語の大まかな流れは、初期読み切り→連載第1話→魔道衆との対決→改造ゾイドバトルトーナメントとなる。
実機ゾイド編
単行本2巻に収録。1巻とは内容がガラリと変わり、共和国ゾイド少年隊の面々が、1/1スケールの実機ゾイド（ただし設定は公式と異なる）に乗り込み、平和のために戦うといった内容。帝国ゾイド少年隊の面々は登場せず、一部人物は設定変更されている。