BLACK LAGOON The Second Barrage TV

2006年10月から12月まで、第1期と同じくUHFアニメとして放送された。全12話。
オープニングやエンディング、アイキャッチおよび話数は、第1期からの継続扱いとなっており、第1期のDVD版#12の最後には第2期#13の次回予告が収録されている。ただし、オープニングアニメーションには随所に「The Second Barrage」のロゴが入っている。
全放送局で一部台詞を削除して放送されたが、DVD版では完全収録されている（TOKYO MXでは後の第1期・第2期計24話一挙放送で台詞カットなしバージョン〈DVD版ではない〉を放送している）。
メ〜テレでは、第10話（#22）のAパート冒頭にて音声処理を行っていることをテロップで表示した。また、第11話と第12話（#23と#24）にて番組開始時に「社会上不適切と思われる表現がありますが、制作側の意図を尊重しそのままの形で放送します」という内容の静止画フリップを5秒間表示した。
第11話（#23）では、制作中に発生した事故により作画クオリティが大いに低下し、それを放送せざるを得なかった状況についてスタッフが謝罪していた（スタッフによる公式ブログ上で発表。事故の内容については不明）。DVDには作画修正版が収録されている。