本作は時間軸上では『バンジョーとカズーイの大冒険』の2か月後のストーリーであり、『バンジョーとカズーイの大冒険』と『バンジョーとカズーイの大冒険2』の中間にあたる。
『バンジョーとカズーイの大冒険』でグランチルダのとりでの頂上から落ちて岩の下に封印された魔女のグランチルダは、クランゴが作成したメカグランチルダに自らの魂を移すことにより復活し、カズーイを捕まえ過去にタイムスリップしてしまう。バンジョーはマンボの力を借りてグランチルダを追いかけ、カズーイの救出とグランチルダ打倒のため再び冒険をする。
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『バンジョーとカズーイの大冒険』でグランチルダのとりでの頂上から落ちて岩の下に封印された魔女のグランチルダは、クランゴが作成したメカグランチルダに自らの魂を移すことにより復活し、カズーイを捕まえ過去にタイムスリップしてしまう。バンジョーはマンボの力を借りてグランチルダを追いかけ、カズーイの救出とグランチルダ打倒のため再び冒険をする。