これまでのデジモンワールドシリーズでは人間が主人公となって物語を進めていったのに対し、今作では人間は一切登場しない。
舞台はデジタルワールドのデジモン世界。ここではデジモン達が平和に暮らしていた。その平和を管理、維持するのがホストコンピューター「イグドラシル」である。ところが近頃デジモン達の住むエリアの周辺に謎の新エリアが複数出現する。デジモン達は調査に向かったがそれらのデジモンとは、やがて連絡がつかなくなってしまう。そこでプレイヤーは主人公デジモンを操り、デジタルワールドの平和を守る「デジタル・セキュリティ・ガード」(D.S.G.)の一員となってこれらの謎と、その先に立ちはだかる危機を解決してゆく。
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舞台はデジタルワールドのデジモン世界。ここではデジモン達が平和に暮らしていた。その平和を管理、維持するのがホストコンピューター「イグドラシル」である。ところが近頃デジモン達の住むエリアの周辺に謎の新エリアが複数出現する。デジモン達は調査に向かったがそれらのデジモンとは、やがて連絡がつかなくなってしまう。そこでプレイヤーは主人公デジモンを操り、デジタルワールドの平和を守る「デジタル・セキュリティ・ガード」(D.S.G.)の一員となってこれらの謎と、その先に立ちはだかる危機を解決してゆく。