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制作过程中出现的一些事故（摘自wiki）

10%前後という高い平均視聴率を記録していた。しかし、1985年末から1986年初頭にかけて発覚したサンヨー石油ファンヒーター一酸化炭素中毒事故により、2クールをもって三洋電機（現・パナソニック）がスポンサーを降板。さらにタイアップのプラモデルの売れ行きが不振だったことも重なり、メインスポンサーのバンダイの意向で、第38話で急遽打ち切りとなった。公式には「元々2クールで完了の予定を4クールに延長したが、最終的には3クールまでの延長となった。従って打ち切りではない」と説明されている。なお、遅れネットした系列局では番組販売扱いで三洋電機・バンダイともスポンサーに就かなかった局もあった。

放送上の最終回である第38話は、打ち切り決定が最終話放送日の2週間前という急遽の決定ということもあり、途中の回を省略していきなり最終回に話が飛んだような苦肉の内容で制作された。そのため直前の37話と話の内容がつながらず、第37話で大破したはずのレイズナーは修復・改造強化されザカールと互角の戦闘を繰り広げ、開発途上だった地球側SPTも既に量産されてグラドス軍と戦闘するなどしている。

放映終了後、東芝映像ソフトからOVA全3巻が発売された。1巻は第1・第2クール、2巻は第3クール（第37話まで）のテレビ放映分の総集編であるが、第3巻ではテレビで放送されなかった第37話と第38話の間を埋める部分（大破したレイズナーに代わる強化型レイズナーの登場など）やラストシーンの追加（刻印から排除されたエイジのその後）などが映像化されており、「打ち切りがなされなかった場合における、第4クールの総集編」といった体裁になっている。高橋良輔、植田益朗は、打ち切り直後にラジオ番組『スターチャイルド』にゲスト出演し、「重労働が終わって楽にはなったけど、マラソンと同じで完走したかったですね」と無念を語っていた。

また高橋は、放映終了後のインタビューで、放送での最終回以降の、本来予定していた最終回までの展開の構想を語っている。その内容は、刻印発動後の地球でのグラドス人差別を憂慮したエイジが、レイズナーMk.IIを駆ってグラドス本星に戻り、グラドス人と地球人のルーツが同じであるという確かな証拠を求めて奔走、同時にその証拠をもってグラドス本星政府の支配体制から市民を解放するというものだった。このストーリーは全52話版と全47話版と、制作当時は微妙に展開と結末が異なる2パターンが用意されており、本作のLD-BOXが発売された際、高橋監修の下で竹田裕一郎が『蒼き流星の行方』というタイトルで、高橋のインタビュー回答内容とは別の、全52話版をダイジェスト小説として書きおろしている[8]。なお、このグラドスと地球人にまつわる真相は、『銀河漂流バイファム』[9]の企画段階に存在するククト人と地球人における裏設定[10]をほぼ転用したものであり、少年少女たちによる宇宙漂流ものというジャンルを含めて、前前年度制作の『バイファム』を色濃く踏襲した作品であった。当時ありふれていたこの企画転用手法で、レイズナーの作風が『ドラグナー』に転用され、『ドラグナー』の作風の一部は『ワタル』に転用されている。なお、『バイファム』も『機動戦士ガンダム』の企画段階での構想が転用された作品である。